絶滅危惧種リカオンの応援ブログ

絶滅危惧種のリカオンに関する情報を発信し、保護活動に貢献することを夢見るブログ

リカオンについての説明や情報を発信しています。2018年から投稿を始めました。アフリカにあるリカオンの保護団体や、動物園からのリカオンに関する情報、リカオンに関する情報はなんでも投稿しています。

リカオンのゲノム

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数日前にリカオンの科学的研究資料が発表されたのを見かけたのですが、何度読んでもどうしても難しくて理解できないのです。

Cost-effective assembly of the African wild dog (Lycaon pictus) genome using linked reads. - PubMed - NCBI 

Google翻訳に頼ってみても、難し過ぎて全然良く分からないのです。こちらが、グーグル様の翻訳結果。

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バックグラウンド:
高品質の参照ゲノムアセンブリは、非モデル生物の研究にとって貴重なツールです。ゲノム技術は、過去の人口の大きさ、地方の適応、繁殖管理計画の策定に役立つ重要な洞察を提供することができます。この情報は、絶滅の危機に瀕している種が緊急かつ緊急の注意を必要とする保全遺伝学のような分野にとって重要である。しかし、一般的な種管理のコストは予算を消費する可能性があるため、ゲノムベースの方法の資金は保全プロジェクトには疎にすることができます。

発見:
ここでは、アフリカの野生のイヌ(Lycaon pictus)の高品質の参照ゲノムの作成を低コスト(3000ドル未満)で報告し、これによりこの絶滅危惧種の将来の研究を容易にする。リンクリーディングされた10x Genomics Chromiumシステムを使用して、3人の集団を生成しました。最も連続的なアセンブリは、21Mbおよび83Kbの足場およびコンティグN50を有し、保存された哺乳動物遺伝子のセットの95%を完全に再構成した。さらに、我々は、アフリカの野性犬のヘテロ接合性および人口統計的な歴史を推定し、それらが歴史的に有効な集団サイズは低いが、ヘテロ接合性は高いままであることを明らかにする。

結論:
我々は、10倍のGenomics Chromiumデータを使用して、中間カバレッジ(約25〜50倍)のIllumina短読データから高品質のゲノムを効果的に生成できることを示しています。興味深いことに、野生のイヌは、おそらくその行動的生態学のために、他の保全対象種よりも高いヘテロ接合性を示す。非モデル生物のための参照ゲノムの入手可能性は、アフリカの野生の犬のような脅威の種のより良い遺伝子モニタリングを促進し、環境保護者が変化する環境におけるそれらの種の生態学および適応能力をよりよく理解するのを助ける。
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リカオンの保護活動を目的に書かれた論文ですが、30万円のコストでリカオンのゲノムを解読して、保護活動を少しでも発展させようとしている感じで正しい解釈でしょうか。

 

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